Uji Konsentrasi DNA

Konsentrasi DNA jumlah DNA yang terlarut dalam suatu larutan pelarut. Uji konsentasi DNA adalah suatu uji yang dilakukan untuk mengetahui berapa jumlah DNA yang ada dalam suatu larutan. Uji konsentrasi DNA biasanya merupakan rangkaian dari proses isolasi DNA. DNA adalah suatu materi yang terdapat di dalam hampir semua sel makhluk hidup. DNA merupakan suatu materi genetik dan berperan dalam pewarisan sifat pada keturunannya. Salah satu penyusun dari DNA adalah basa nitrogen. Ada 4 jenis basa nitrogen yaitu guanin, sitosin, adenin dan timin. Tiap-tiap molekul DNA saling berikatan membentuk untaian DNA. Urutan basa nitrogen dari untaian DNA tersebut mengkodekan suatu sifat dari organisme yang selanjutnya diwariskan pada keturunannya. Karena perannya tersebut, saat ini DNA banyak dimanfaatkan sabagai dasar suatu analisis.

Beberapa analisis yang saat ini telah berbasis pada analisis DNA adalah identifikasi mayat, uji bapak kandung, dan berbagai pengujian lain. Langkah yang harus dilalui dalam suatu analisis yang berbasis DNA adalah isolasi atau ekstraksi DNA. DNA yang didapatkan dari isolasi DNA merupakan DNA yang terlarut pada pelarut. Pelarut untuk DNA biasanya adalah buffer TE (Tris-EDTA) atau aquadest.

Jumlah konsentrasi DNA hasil isolasi DNA tergantung dari jumlah sel yang diisolasi DNA nya, oleh karena itu untuk pengujian lebih lanjut perlu dilakukan pengukuran konsentrasi DNA. Salah satu uji lanjut yang hampir selalu dilakukan dalam analisis berbasis DNA adalah analisis PCR. Dalam analisis PCR, Konsentrasi DNA yang digunakan perlu diketahui terlebih dahulu karena konsentrasi DNA menentukan keberhasilan analisis PCR.

Baca Juga : Design Primer untuk PCR (Polimerase Chain Reaction)

DNA merupakan molekul yang berukuran sangat kecil sehingga tidak bisa dilakukan penghitungan langsung. Oleh karena itu proses penghitungan konsentrasi DNA memanfaatkan dari sifat DNA tersebut. Perlu diketahui bahwa suatu molekul atau senyawa mempunyai serapan yang khas terhadap berkas cahaya. Begitu juga dengan DNA, molekul DNA mampu menyerap berkas cahaya secara maksimal pada panjang gelombang 260 nanometer (nm). Hal tersebut dimanfaatkan untuk mengukur konsentrasi DNA dan alat yang dipakai adalah spektrofotometer.

Saat ini ada spektrofotometer khusus yang digunakan untuk mengukur konsentrasi DNA. Kelebihan dari spektrofotometer khusus tersebut adalah tidak membutuhkan kuvet seperti umumnya spektrofotometer dan tidak membutuhkan banyak sampel. Sampel yang digunakan cukup 1-2 µl. Sampel sebanyak 1-2 µl tersebut cukup diteteskan pada tempat sampel. Contoh merk dari spektrofotometer khusus untuk mengukur konsentrasi DNA tersebut salah satunya adalah NanoVue Plus Spectrophotometer.

NanoVue Plus Spectrophotometer.
Spektrofotometer khusus untuk DNA


Pengukuran konsentrasi DNA menggunakan spektrofotometer biasa yang menggunakan kuvet memerlukan beberapa tambahan langkah kerja. Tambahan langkah kerja tersebut adalah harus melakukan pengenceran dan perhitungan menggunakan rumus.

 Langkah tambahan dalam pengukuran tersebut adalah harus melakukan pengenceran dan penghitungan. Pengenceran yang dilakukan biasanya 10 hingga 100 x dan menggunakan aquadest steril. Kuvet spektrofotometer mempunyai kapasitas volume yang bermacam-macam sehingga volume larutan DNA yang dilarutkan tergantung dari kuvetnya.

ukuran kuvet spektrofotometer
Macam-macam ukuran kuvet


Misalnya =

* Pengukuran menggunakan kuvet 5 ml yang akan diisi sebanyak 3 ml. DNA diencerkan 100 x, maka pengenceranya adalah 30 µl DNA + 2970 µl  aquadest.

* Pengukuran menggunakan kuvet 1,5 ml yang akan diisi sebanyak 1 ml. DNA diencerkan 100 x, maka pengenceranya adalah 10 µl DNA + 990 µl aquadest.

 Baca Juga : Tahapan dan prinsip PCR (Polymerase Chain Reaction)

Setelah diencerkan, dilakukan pengukuran menggunakan spektrofotometer pada panjang gelombang 260 nm. Hasil pengukuran yang berupa nilai absorbansi kemudian dikonversi menjadi jumlah konsentrasi DNA dengan rumus =

Konsentrasi DNA (ug/ml) =  Absorbansi  λ 260 X faktor pengenceran X 50


50 adalah tetapan dari konsentrasi DNA, dihasilkan dari : 

A260 of 1.0 = 50µg/ml pure dsDNA

artinya absorbansi 1,0 sampel DNA pada pengukuran spektrofotometer λ260 memiliki kandungan (konsentrasi) DNA sebanyak 50 ug/ml.

Contoh perhitungan =

Hasil pengukuran suatu sampel DNA dengan pengenceran100 kali pada panjang gelombang 260 adalah 0,0467 maka perhitungannya :

Konsentrasi DNA (ug/ml) =  Absorbansi  λ 260 X faktor pengenceran X 50

= 0,0467 x 100 x 50 = 233,5 ug /ml

Jadi Konsentrasi DNA dari contoh hasil pengukuran tersebut adalah 233,5 ug /ml.

Demikian postingan kali ini tentang Uji Konsentrasi DNA. SEMOGA BERMANFAAT

Load disqus comments

0 comments