Alat dan bahan untuk ekstraksi DNA (Rangkaian analisis PCR)

 PCR (Polimerase Chain Reaction) adalah reaksi perbanyakan DNA di dalam laboratorium. PCR saat ini sangat terkenal sejak terjadinya wabah COVID-19 karena konfirmasi positif penyakit COVID-19 harus menggunakan analisis PCR. Analisis PCR yang digunakan dalam pemeriksaan COVID-19 adalah Real Time PCR. Real Time PCR adalah analisis PCR yang hasilnya berbentuk grafik di layar komputer. Alat dan Bahan yang akan di bahas dalam artikel ini adalah PCR konvensional. PCR konvensional adalah PCR yang hasilnya ditampilkan dalam sebuah gel, gel tersebut dinamakan dengan gel agarose. Prinsip kerja dari Real Time PCR dan PCR konvensional adalah sama.

Polymerase chain reaction atau yang lebih dikenal dengan analisis PCR adalah suatu analisis molekuler yang berbasis DNA.  Polymerase Chain Reaction (PCR) dimanfaatkan dalam berbagai bidang, salah satunya adalah bidang kesehatan. Dalam bidang kesehatan, analisis PCR dimanfaatkan untuk deteksi / diagnosis penyakit. Baru baru ini, analisis PCR sedang populer karena merupakan suatu metode untuk melakukan diagnosis terhadap covid-19 (Corona). 

Baca Juga : Sekuensing DNA

Dalam suatu laboratorium, ada beberapa alat dan bahan yang harus tersedia untuk dapat melakukan atau menjalankan analisis PCR. Tenaga ahli merupakan hal paling penting yang harus ada untuk menjalankan analisis PCR. Tenaga ahli harus paham dan telah terlatih dalam menjalankan analisis PCR. Setelah tersedia tenaga ahli, maka harus ada alat dan bahan yang digunakan untuk berjalannya analisis PCR.

Ada 2 proses tahapan dalam rangkaian analisis PCR, yaitu ekstraksi / isolasi DNA, dan setelah DNA diperoleh, maka DNA dihibridisasi dengan PCR. 

Ekstraksi DNA adalah proses pemisahan DNA dari dalam sel. Singkatnya ada 3 langkah dalam isolasi / ekstraksi DNA yaitu pemecahan membran sel, pemisahan DNA dari organella sel dan pemurnian DNA.

Alat dan bahan dalam Ekstraksi DNA :

1. Kit ekstraksi DNA

Bahan-bahan untuk ekstraksi  DNA sebenarnya dapat diracik sendiri dengan bahan-bahan kimia yang ada di laboratorium, Kit Ekstraksi DNA adalah bahan-bahan untuk ekstraksi DNA yang telah diracik dari pabriknya sehingga tinggal menggunakannya saja. Penggunaan kit ekstraksi DNA lebih praktis dan menghemat waktu. Kekurangan dalam penggunaan kit ekstraksi DNA adalah biaya yang dikeluarkan lebih besar. Contoh kit ekstraksi DNA adalah produk dari promega dengan nama Promega wizard Genomic DNA Purification Kits.

alat dan bahan untuk ekstraksi DNA
Contoh Kit Ekstraksi DNA 


2. Isopropanol

Isopropanol adalah senyawa kimia yang dalam ekstraksi DNA berfungsi untuk pengendapkan DNA agar terpisah dari larutan. Hampir semua kit ekstraksi DNA tidak menyertakan isopropanol dalam paketnya sehingga perlu disediakan sendiri.

3. Ethanol 70%

Ethanol adalah senyawa kimia yang dalam ekstraksi DNA berfungsi untuk memurnikan atau membersihkan DNA dari kotoran. Sama dengan isopropanol, hampir semua kit ekstraksi DNA tidak menyertakan ethanol 70% dalam paketnya sehingga perlu disediakan sendiri.  

Baca Juga : Kloning DNA / Gen pada Bakteri dengan Memanfaatkan Enzim Restriksi dan DNA Ligase

4. Mikropipet dan tip

Mikropipet dan tip adalah alat yang digunakan untuk mengambil larutan dengan volume tertentu. Ada beberapa variasi mikropipet. Ada beberapa variasi ukuran mikropipet, diantaranya :

  • Mikropipet ukuran 10 uL, digunakan untuk mengambil larutan dengan volume 0,5 ul hingga 10 uL.
  • Mikropipet ukuran 20 uL, digunakan untuk mengambil larutan dengan volume 2 ul hingga 20 uL
  • Mikropipet ukuran 200 uL, digunakan untuk mengambil larutan dengan volume 20 ul hingga 200 uL
  • Mikropipet ukuran 1000 uL, digunakan untuk mengambil larutan dengan volume 200 ul hingga 1000 uL.

alat dan bahan untuk ekstraksi DNA, PCR, Analisis PCR
Contoh gambar mikropipet

Tip mikropipet adalah alat yang dipasangkan pada mikropipet. Tips merupakan aksesoris dari mikropipet yang akan kontak langsung dengan cairan. Untuk menghindari kontaminasi, tips langsung dibuang setelah dipakai. 

Alat dan bahan untuk ekstraksi DNA
Mikropipet dan tip


5. Mikrotube

Mikrotube adalah tabung kecil untuk menaruh larutan. Mikrotube yang sering dipakai untuk ekstraksi DNA biasanya berukuran 1,5 ml (maksimal dapat menampung 1,5 ml) sedangkan mikrotube yang dipakai untuk reaksi PCR berukuran 0,2 ml (maksimal dapat menampung 0,2 ml).

Mikrotube, microtube, microtube untuk PCR,
Mikrotube ukuran 1,5 uL


6. Sentrifugase

Sentrifugase adalah alat yang digunakan untuk mengendapkan komponen-komponen tersebar dalam suatu larutan.

Alat dan bahan untuk ekstraksi DNA (Rangkaian analisis PCR),
Contoh gambar microsentrifuge 


7. Waterbath

Dalam ekstraksi DNA, perlu beberapa langkah yang harus menginkubasi sampel dalam suhu tertentu. Waterbath adalah pemanas air yang suhunya dapat diatur sesuai dengan suhu yang diinginkan. Langkah inkubasi dilakukan dengan menggunakan waterbath.


Waterbath, ekstraksi DNA, isolasi DNA, alat dan bahan untuk PCR
Waterbath untuk inkubasi sampel


Demikian postinga tentang Alat dan bahan untuk ekstraksi DNA (Rangkaian analisis PCR).
Semoga bermanfaat.




















Load disqus comments

0 comments